视乎大肠镜检查期间是否有切除瘜肉，政府将会就「大肠镜检查基本服务」提供两种资助。

如果进行「大肠镜检查基本服务」期间有切除瘜肉，政府的资助金额为$8,500。此考虑到已登记大肠镜医生在切除瘜肉期间需时较长，并需使用较多仪器。

如果没有发现或切除任何瘜肉，资助金额是$7,800。

「大肠镜基本服务」的资助将分两阶段发放：

1. 首笔资助$300将会发放作大肠镜检查前的诊症费用。为了推动持续护理，政府只会资助每名参加者一次大肠镜检查前的诊症费用，此次资助只会发放予首个提交资助申请的大肠镜医生（即第一位于大肠癌资讯系统记录参加者检查前诊症的大肠镜医生）。参加者需自费其后的大肠镜检查前诊症费用。
2. 第二笔资助款项将于完成整个「大肠镜检查基本服务」后发放。

扣除政府资助后，大肠镜医生可就获资助的大肠镜检查基本服务收取额外费用，但金额不应多于$1,000，目的是避免参加者在大便免疫化学测试结果呈阳性时，无法负担大肠镜检查服务。不论进行大肠镜检查期间有否发现瘜肉，额外费用的上限均相同。额外费用将于进行大肠镜检查时，一笔过收取，并须于加入计划时列明。

衞生署建议大肠镜医生不收取额外费用，以鼓励有经济困难的人士参加计划。，衞生署亦鼓励收取额外费用的大肠镜医生，提供不收取额外费用的慈善配额(charity quota)予领取综援或持有医疗费用减免证明书的人士。

下表是大肠镜医生提供服务后，收取政府资助的情况摘要：